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豊富な関数ライブラリー：	ベクトル・行列演算、分子操作、エネルギー極小化計算、並列計算など分子シミュレーションに必要な関数の他に、構造構築、表面表示、GUI設計、グラフィックス・プロットの作成、SOAP、SQLなど様々な組み込み関数が用意されています。これらを活用して独自のアプリケーションを簡単に開発できます。

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MOEからサードパーティーソフトウェアを実行するためのインターフェースも簡単に作成できます。

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アプリケーションをウェブブラウザーから利用できるモードです。MOE/webはジョブ管理や履歴機能を搭載したウェブサービスを内蔵しているため、他のサービスを利用することなく容易に設置できます。SVLを用いて新しいMOE/webアプリケーションを追加することも可能で、直接MOEを使用しない実験研究者などが気軽に使える計算化学環境を作ることができます。

MOE/web アプリケーション例
■ みずたまねこ様専用カマボコテント2ポール4本
【Coast】モノコントラストメガフリルミディドレス
■ 分子の物性推算
■ 分子スケッチャー
■ アミノ酸配列のホモロジー検索
■ 抗体モデリング
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解析

よる部分構造検索

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MOEの一部のアプリケーションをサーバー上で行うためのモードです。ファーマコフォア検索やFBDD用の検索対象データベースや、MOE Projectデータベースなどの比較的容量の大きい分子データベースをローカルに配置せずMOE/webサーバー上に配置しネットワークを介して検索・参照できます。計算コストやファイル容量において、ローカルマシンの負荷を削減することできます。

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エクセルの関数を使った計算例。分子名と分子記述子を入力とし、と分子記述子の計算結果を出力できます。

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ホモロジーモデリングのワークフロー例。ドッキング、ファーマコフォア検索、 DesignなどMOEの一連の処理を、KNIME上でワークフローとして定義し利用できます。

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MOE/smpは別プロセスでの分散処理を行うモードです。同一マシン上の別CPUやコア、sshプロトコルを経由したLAN内の別ノードを利用した分散処理が可能です。ドッキング計算やホモロジーモデリング、化合物ライブラリーの配座解析など対応したアプリケーションを高速に処理することができます。

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MOEはデスクトップPCやノートPCによる通常利用のほかに社内システムへの組み込みも可能です。OSは、Windows、Mac、Linuxに対応しています。

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MOEのグラフィックモードは以下の立体視環境をサポートしており、これらを使用することで容易に分子構造を立体的に観察することができます。

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■液晶立体ディスプレイ

MOEはバーチャルリアリティ（VR）ディスプレイのzSpaceにも対応しています。専用のディスプレイとメガネには利用者の頭の位置を追跡する機能があるため、目の前にあたかも存在するかのように表示された原子や分子表面などのグラフィックスを見回すことができます。専用のスタイラスペンを用いて分子の操作を行うことができます。

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